Linuxでアプリを自動起動（Windowsのスタートアップ相当）するならinit.d等ではなくデスクトップ環境や各ウィンドウマネージャの設定を使うのが簡単で良いようです。
たとえばLXDEでskypeを自動起動するなら/etc/xdg/lxsession/LXDE/autostartに（Lubuntuならおそらく/etc/xdg/lxsession/Lubuntu/autostart）に@skypeという行を追加すれば良いだけです。ただしエディタは管理者権限が必要。また~/.config/autostartフォルダに.desktopファイルを作る方法もあるようです。http://wiki.lxde.org/en/Autostart
IceWMなら~/.icewm/にstartupという名前のスクリプトファイルを作り
#!/bin/bash
skype&
と入力して保存し、
chmod +x startup
で実行属性を付ける。
KDE(OpenSUSEなど)なら~/.config/autostart/に上と同じくスクリプトファイルを置けばよいようです。
Cinnamon(Mintなど)ならGUIツールが用意されていて「メニュー」->「設定」->「自動起動するアプリケーション」から設定できるようです。
いずれにしろ自分の使用しているデスクトップ環境名とautostartなどのキーワードで検索すれば方法は見つかると思います。
