Linuxでアプリを自動起動（Windowsのスタートアップ相当）するならinit.d等ではなくデスクトップ環境や各ウィンドウマネージャの設定を使うのが簡単で良いようです。たとえばLXDEでskypeを自動起動するなら/etc/xdg/lxsession/LXDE/autostartに（Lubuntuなら…